En 1801 un Concordat signé entre le Pape Pie VII et Napoléon oblige les autorités à tolérer l’existence d’une église catholique romaine sur le territoire de la Ville.
Ce sera Saint-Germain et le curé de Genève sera l’abbé Jean-François VUARIN, un Savoyard qui aura une grande influence dans l’histoire du catholicisme à Genève. Loin de cesser ses revendications au départ des troupes françaises, cet ecclésiastique agit beaucoup pour sauvegarder la présence catholique en nos murs. Au Congrès de Vienne on négocie le rattachement de Genève à la Suisse. Cela aboutit à la création d’un canton qui devra respecter le culte et les coutumes des catholiques qui dépendront alors de l’Evêché de Chambéry. Mais le Pape Léon XII enlève le nouveau canton au diocèse de Chambéry et le rattache à celui de Lausanne, au grand désespoir du curé VUARIN qui aurait souhaité voir un évêque à Genève; l’abbé meurt en 1843 sans avoir vu son rêve se réaliser. Il aura toutefois jeté les bases sur lesquelles ses successeurs peuvent espérer construire une deuxième église à Genève et ce sera Notre-Dame.